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NCBI orthologsを使って、オーソログ遺伝子を調べる
NCBI Orthologsは、オーソログの検索・比較・配列アラインメントを行えるデータベースです。この動画では、オーソログ（種分化によって生じた共通祖先由来の遺伝子）を検索し、取得したアミノ配列情報を使ってアライメントを行います。また、具体例として、トル様受容体1（TLR1）のアライメント結果をもとに既知の変異に焦点をあて、複数生物種間でのアミノ酸配列の比較する手順を解説します。
Highlights
- 00:07 1. イントロダクション
- 00:40 2. NCBIの検索
- 01:02 3. NCBI OrthologsでTLR1の検索
- 02:02 4. Orthologsタブの利用
- 03:08 5. TLR1のオーソログ配列のダウンロード
- 04:21 6. COBALTでアラインメント
- 06:20 7. 結果の表示
- 06:57 8. Graphical Overviewの見方
- 08:29 9. TLR1の既知のアミノ酸変異であるN248S、I602Sを調べる
- 09:56 10. アラインメント結果の保存
- 10:07 11. まとめ
- 10:43 12. 発展内容の紹介
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251028_nakagawa.mov