バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
Previous
空間トランスクリプトーム入門：仕組みから活用までの基礎知識@ Bio”Pack”athon2025#7
Next
Click here to see the videos in the course.
この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/jRuMLwAucy4
空間トランスクリプトーム入門：仕組みから活用までの基礎知識@ Bio”Pack”athon2025#7
2025年7月16日に開催された、Bio"Pack"athon 2025 #7の黒木心和氏と是枝達也氏による「空間トランスクリプトーム入門：仕組みから活用までの基礎知識」をお送りします。本講演では、昨今利用シーンが増えている、組織切片上での位置情報を保持したままトランスクリプトームが計測できる、空間トランスクリプトームの歴史的経緯や、基礎的なデータ解析ワークフローについて紹介しています。
この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ（月一開催）
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:00 1. 空間トランスクリプトーム入門：仕組みから活用までの基礎知識
- 00:16 2. 登壇者略歴
- 01:10 3. JSBi論文
- 02:52 4. 空間トランスクリプトーム解析の発展
- 03:53 5. RNA-SeqとscRNA-Seqの限界
- 05:13 6. 仮想的な空間再構築手法（従来手法）
- 06:23 7. 空間トランスクリプトームとは？
- 07:02 8. Visiumの登場
- 07:49 9. 空間トランスクリプトーム技術の分類
- 09:01 10. 既存データベースの活用
- 09:59 11. 解析のワークフロー
- 11:18 12. データ解析の流れ（Space Ranger、Scanpy）
- 12:39 13. Loupe Browser
- 13:03 14. 解析で用いるデータの種類
- 13:50 15. デモ（ヒトDLPFCデータ）
- 20:10 16. 技術の進化と今後の展望
- 21:09 17. 深層学習モデルへの応用
- 21:45 18. 神経科学への応用
- 22:16 19. 腫瘍免疫学への応用
- 22:53 20. まとめ
- 23:20 21. 質問タイム
Download the video file
250720_kuroki.mov