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ワークフロー言語 Snakemakeの入門 @ Bio”Pack”athon2025#6
2025年6月30日に開催された、Bio"Pack"athon 2025 #6の露崎弘毅氏による「ワークフロー言語 Snakemakeの入門」をお送りします。本講習では、Snakemakeによるワークフロー構築を、小さく具体的な例を拡張しながら大きなワークフローにしていく流れで紹介しています。Snakemakeは、人間が読みやすいPythonベースで記述されているワークフロー言語の一つで、データ解析の再現性向上に役立ちます。
この講演動画は、Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ（月一開催）
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:00 1. Snakemake入門
- 00:23 2. ワークフロー入門
- 01:13 3. ワークフロー言語利用意義
- 03:11 4. 代表的なワークフロー言語
- 07:34 5. 目標
- 08:56 6. Level1: シェルスクリプト
- 13:33 7. Level2: Snakemake（1サンプル×1ルール）
- 16:40 8. Level3: Snakemake（1サンプル×全ルール）
- 17:14 9. Level4: Snakemake（シェルスクリプト化）
- 17:50 10. Level5: Snakemake（全サンプル×全ルール）
- 19:55 11. 補足（ジョブスケジューラーの利用）
- 21:43 12. Level6: Snakemake（containerタグ）
- 22:44 13. Level7: Snakemake（condaタグ）
- 23:47 14. Level8: Snakemake（wrapperタグ）
- 24:30 15. ツールの仮想環境イメージの検索先
- 25:22 16. 課題
- 28:00 17. 質問タイム
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250717_tsuyuzaki.mov