バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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細胞種ごとの遺伝子発現変動を推定するRパッケージomicwas @ Bio”Pack”athon2025#3
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細胞種ごとの遺伝子発現変動を推定するRパッケージomicwas @ Bio”Pack”athon2025#3
2025年3月19日に開催されたBio"Pack"athon 2025 #3 から竹内史比古氏による「細胞種ごとの遺伝子発現変動を推定するRパッケージomicwas」をお送りします。本講演では、複数の実験条件で計測したバルクオミックスデータに対し、条件間で大きく値が変動する遺伝子発現やDNAメチル化の検出を細胞種レベルで行うための解析ツールomicwasを紹介しています。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:32 1. 自己紹介
- 03:25 2. 要旨
- 07:12 3. 概要
- 07:27 4. 知りたいこと（細胞種ごとの遺伝子発現変動、膵臓ランゲルハンス島β細胞の例）
- 12:42 5. 統計的推定の考え方
- 18:14 6. 従来の定式化（線形回帰）
- 23:02 7. 従来法の問題点、本研究の提案
- 30:27 8. 相互作用項の多重共線性
- 38:10 9. シミュレーション結果
- 39:25 10. 実データでの結果
- 42:07 11. Rパッケージomicwasの開発体験談
- 46:44 12. 質問タイム
Download the video file
250325_omicwas.mov