CRISPResso2を使ってゲノム編集結果を解析する

CRISPResso2はゲノム編集実験の検証や特性評価に用いられるゲノム編集サンプルのアンプリコンシーケンス解析ツールです(原著論文: DOI: 10.1038/s41587-019-0032-3)。CRISPResso2はCRISPR-Cas9だけでなく、Cpf1 (Cas12a)、Base editing、Prime editingなどにも対応しています。コマンドライン版とウェブアプリ版がありますが本動画ではウェブアプリ版を使って、Cas9を利用したNHEJ (非相同末端結合, Alternative NHEJも含む) によるゲノム編集結果を確認する例を紹介します。

Highlights

  • 00:07 1. CRISPResso2の概要
  • 00:44 2. NHEJでのパラメータ設定を行う
  • 04:38 3. 解析結果を取得する
  • 04:48 4. シーケンスのクオリティを確認する
  • 06:03 5. 編集パターンの詳細を確認する

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250319_CRISPResso2.mov

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