FishTEDBを使って魚類のトランスポゾンを取得・検索する

FishTEDBは魚類のトランスポゾンを集めたデータベースです(原著論文: 10.1093/database/baae044)。オープンソースのデータベースでありながら、各種ゲノムにおけるトランスポゾンの挿入時期まで推定し、その情報をアノテーションしていることが大きな特徴です。これらのデータを利用することで新しく活性がありそうなトランスポゾンや系統学的な研究に利用できそうなトランスポゾンの情報を得ることが可能です。また、Fish10K Genome Projectに参加しているグループが作成しているため種数が多く、ゲノムの情報もダウンロードできることも大きな特徴といえます。現時点(2025年2月)では83種、48目に渡る魚類のトランスポゾンが登録、管理されています。JBrowseを利用した配列情報の可視化やアクセスが便利で、トランスポゾンの挿入年代の推定値も参照できます。これらの情報はダウンロード可能であり、各自でさらなる解析に利用することができます。今回はFishTEDBでトランスポゾンのデータをダウンロードしたり、塩基配列を使って検索する方法、さらにはドメインを調べる方法について紹介します。

Highlights

  • 00:07 1. FishTEDBの概要
  • 00:56 2. FishTEDBの使い方
  • 01:06 3. 登録データの概観
  • 02:02 4. 登録データへのアクセスとダウンロード
  • 02:55 5. JBrowse によるTEの挿入推定年代の確認
  • 04:11 6. 登録データの検索と塩基配列による検索(BLASTN)
  • 06:07 7. ORFの取得とアミノ酸配列による検索(HMMERとBLASTP)

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250306_FishTEDB.mov

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