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Nextflowによるオミクス研究の仕組化 ～空間的遺伝子発現解析への対応事例～ @ クラウドを活用したゲノミクス環境の構築
2024年11月13日に開催されたクラウドを活用したゲノミクス環境の構築から、山口 昌雄 (アメリエフ株式会社) 氏による「Nextflowによるオミクス研究の仕組化 ～空間的遺伝子発現解析への対応事例～」(講演資料)をお送りします。本講演では、様々な解析を効率よく進めるためのワークフロー言語の一つであるNextflowをRNA-SeqやシングルセルRNA-Seqとともに、空間的遺伝子発現解析の実例を元に紹介しています。
本ワークショップの一連の動画は、YouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
この講演動画は、株式会社ASTRIDEからご寄託いただきました。
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Highlights
- 00:30 1. 自己紹介
- 02:57 2. Nextflowとは
- 04:53 3. 内製解析フローの整備
- 05:35 4. Nextflowの活用例 空間的遺伝子発現解析への対応
- 06:58 5. RNAseq解析の流れ
- 07:57 6. シングルセルRNAseq解析の流れ
- 09:17 7. 空間的発現解析 Xenium In Siteのフロー
- 11:42 8. バイオインフォマティクス解析環境の選定と統合化
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241202_05_yamaguchi.mov