バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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HiC1Dmetricsを用いたゲノム立体構造解析 @ Bio”Pack”athon2024#10
2024年10月9日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #10 から、中戸 隆一郎 氏による「HiC1Dmetricsを用いたゲノム立体構造解析」をお送りします。本講演では、ゲノム領域間の相互作用を計測するHi-Cのコンタクトマップを1次元ベクトル化するためのRパッケージであるHiC1Dmetricsを紹介しています。HiC1Dmetricsだけでなく、Hi-C解析全般の解説動画となっており、初学者におすすめです。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 0:30 目次
- 1:07 HiCを用いた立体構造解析
- 1:08 ゲノムは核内で規則的に折りたたまれている
- 3:54 Hi-Cを用いた立体構造解析の原理
- 7:05 Hi-C法で観測される階層的ゲノム構造
- 8:33 トポロジカルドメイン（TAD）
- 10:09 異なる階層は異なる因子によって制御されている
- 11:53 サンプル間比較（目視、ログ比）
- 14:55 多サンプル解析の場合
- 18:03 HiC1Dmetrics
- 19:32 HiC1Dmetrics誕生秘話
- 23:32 1次元解析の例（インシュレーションスコア; IS）
- 25:31 1次元解析の例（コンパートメント; PC1）
- 27:46 1次元解析の例（クロマチンコンパクション; DLR）
- 29:07 新規スコアの例（Intra-TAD score; IAS）
- 30:30 見たかったもの: 「TAD間」相互作用の欠損効果の違い
- 31:54 Directional relative frequency（DRF）
- 34:45 HiC1Dmetrics (v0.2.10)
- 35:12 期待される使い方1: 多サンプル類似度比較
- 36:26 期待される使い方2: エピゲノム情報との統合
- 37:34 Springerでの新書の宣伝
- 37:53 PyPIへの登録について
- 39:07 登録ファイルの準備
- 40:22 PyPIへのアップロード
- 41:01 考慮すべき点
- 43:56 まとめ
- 44:12 質問タイム
Download the video file
241016_HiC1Dmetrics.mov