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Metascapeを使って遺伝子リストの生物学的解釈をする
Metascapeは、主にオミックス解析で得られた生物学的なデータセットの機能的解釈と可視化を支援するウェブツールです(原著論文: Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets. Nat Commun, (2019). https://doi.org/10.1038/s41467-019-09234-6)。与えられた遺伝子リストが、既知の生物学的機能やパスウェイに対して統計的に有意な「偏り」を持つかどうかを調べるエンリッチメント解析を行うことができます。このツールは実験生物学者向けに設計されており、40以上の独立したデータベース情報を統合し、機能エンリッチメント解析、インタラクトーム解析、遺伝子アノテーション、メンバーシップ検索など、多様な解析機能を提供しています。ワンクリックで実行できるExpress Analysis機能により、複雑な解析パイプラインを簡単に実行できます。また、エンリッチメント解析のグラフ、ネットワーク図、ヒートマップなどの視覚的な結果表示によって、データの解釈が容易です。さらに、Metascapeは複数の遺伝子リストを同時に解析するメタ解析機能を備えており、異なるオミックスプラットフォームから得られたデータの統合解析も可能です。今回は、Single listおよびMultiple listのサンプルデータを使って、Metascapeの基本的な使い方について紹介します。
Highlights
- 00:10 1. Metascapeの概要
- 00:31 2. Single ListでMetascapeにデータをアップロードする方法について
- 01:18 3. Single ListにおけるAnalysis Report Pageの概要
- 01:58 4. 結果: Gene Listsについて
- 02:03 5. 結果: Pathway and Process Enrichment Analysisについて
- 02:28 6. 結果: ネットワーク解析について
- 02:44 7. 結果: Protein-protein Interaction Enrichment Analysisについて
- 03:08 8. 結果: Quality Control and Association Analysisについて
- 03:11 9. Custom AnalysisでMetascapeにデータをアップロードする方法について
- 03:23 10. Custom Analysisページの概要
- 03:26 11. ID Conversionタブについて
- 03:34 12. Annotationタブについて
- 03:55 13. Membershipカテゴリータブについて
- 04:42 14. Enrichmentタブについて
- 05:25 15. Enrichment Analysisの結果について
- 05:49 16. Multiple ListでMetascapeにデータをアップロードする方法について
- 06:24 17. Multiple ListにおけるAnalysis Report Pageの概要
- 06:26 18. 結果: Heatmapについて
- 06:44 19. 結果: Gene Listsについて
- 06:44 20. 結果: Circus Plotについて
- 07:23 21. 結果: Pathway and Process Enrichment Analysis_PATTERNについて
- 07:48 22. PPT Fileのダウンロード方法について
- 07:59 23. ダウンロードしたPPT Fileについて
- 08:19 24. All in One Zipでのダウンロード方法について
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240910_Metascape.mov