TEENAを使ってChIP-seqデータからトランスポゾンのエンリッチメント解析を行う

TEENA (Transposable Element ENrichment Analyzer) は、中国揚州大学を中心とした研究チームが開発する、トランスポゾン(Transposable element: TE)に関するエンリッチメント解析を行うことができるウェブツールです。(原著論文: TEENA: an integrated web server for transposable element enrichment analysis in various model and non-model organisms, Nucleic Acids Research, 5 July 2024, https://doi.org/10.1093/nar/gkae411) 近年、転写制御等におけるトランスポゾンの役割が注目されており、エンハンサーやプロモーター、転写開始点としての役割など、転写ネットワークにさまざまな影響を及ぼすことが報告されています。そのため、ChIP-seq やATAC-Seq等の解析とあわせて、トランスポゾンのエンリッチメント解析が手軽に行えることは、特異的な遺伝子発現やその制御等を理解する上で有用です。TEENAは、最適化されたパイプラインで迅速な解析を実現し、約100種の生物のゲノムアノテーションを利用することができます。またウェブブラウザ上での簡単な操作で、柔軟なパラメータ設定やその結果を可視化したグラフ等を得ることができます。今回はTEENAを使って、ChIP-seqのピークコールとオーバーラップするトランスポゾンについて、エンリッチメント解析する方法を紹介します。

Highlights

  • 00:07 1. TEENAの概要
  • 00:46 2. TEENAの解析用ウェブサイト
  • 00:58 3. 解析用データのダウンロードについて
  • 01:09 4. ChIP-Atlasの紹介
  • 01:26 5. ChIP-AtlasからのChIP-seqデータのダウンロード
  • 02:26 6. TEENA を使ったChIP-seqデータの解析
  • 03:43 7. 解析用のBED形式ファイルの説明と注意点
  • 04:02 8. 解析条件に関するパラメータ設定
  • 05:21 9. 解析結果の出力とグラフや図の見方について

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