GeneMiner2は、分子系統解析を行うためのプログラムです。GeneMiner2は、以前に開発されたGeneMinerとEasy353を基盤とし、Blast、Minimap2、Fasttree、Muscle5、Mafft、Astral、PDD、PGA、NOVOPlasty、OrthoFinderなどの優れたツールが統合されています。NGSデータから単一コピー核遺伝子や葉緑体遺伝子/ゲノム、その他の分子マーカーを抽出することができ、また、複数の分子マーカーのアラインメントとトリミング、Concatenateモデルや合祖理論に基づく系統樹の構築、分岐年代推定を行うことができます。さらに、パラログ/マルチコピー遺伝子の識別も可能です。今回は、GeneMiner2を使って、手元のデータ(参照配列)に高い類似性を示す配列をNGSデータから直接抽出する方法について紹介します。