バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Snowflakeで実現するAll-in-One Bioinformatics Platform @ Bio”Pack”athon2024#7
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Snowflakeで実現するAll-in-One Bioinformatics Platform @ Bio”Pack”athon2024#7
2024年7月10日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #7から、是枝達也氏による「Snowflakeで実現するAll-in-One Bioinformatics Platform」をお送りします。本講演では、クラウド上でデータ解析を行えるプラットフォームであるSnowflakeについて紹介しており、Snowflakeを用いたインシリコ創薬、疾患バリアント解析、シングルセルRNA-Seqについてデモを行っています。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:23 1. 自己紹介
- 01:43 2. アジェンダ
- 01:56 3. イントロダクション
- 01:58 4. 増え続けるNGSデータ
- 02:52 5. 多岐に渡るバイオデータの種類
- 03:18 6. 学術利用に使われる計算リソース（ラボPC、スパコン）
- 04:42 7. クラウド
- 05:10 8. クラウドを利用するメリット
- 06:38 9. データウェアハウス製品
- 07:25 10. Snowflake
- 08:25 11. Snowflakeの特徴
- 09:45 12. 料金コスト
- 10:32 13. 今回Snowflake上で行う解析
- 11:32 14. デモ1: シングルセルRNA-Seq解析
- 11:38 15. Snowpark Container Service（SPCS）
- 12:41 16. SPCSの使い方
- 13:30 17. SPCS上にR-Studioをホスト
- 14:04 18. 使用するDockerイメージ
- 14:30 19. シングルセルRNA-Seqについて
- 14:55 20. 解析に用いるコード（Seurat）
- 15:18 21. 結果
- 18:32 22. RNAseqchef（Shiny-App）のホスト
- 19:35 23. SPCSのコスト
- 19:50 24. SPCSのスペック
- 20:42 25. デモ2: 疾患バリアント解析
- 20:57 26. Tableと外部ステージ
- 21:50 27. Registry of Open Data on AWS（DRAGEN、ClinVar）
- 22:31 28. 公共データの外部ステージ登録とVCFデータのアノテーション付け
- 23:01 29. DRAGENのステージ登録
- 23:30 30. DRAGENのテーブルにクエリ
- 23:57 31. Panelのアノテーション情報をつける準備
- 24:11 32. バリアントフィルタリング
- 24:29 33. 結果
- 27:56 34. Snowflake利用のメリット
- 30:07 35. デモ3: インシリコ創薬
- 30:20 36. Streamlit in Snowflake（Webアプリ開発）
- 31:05 37. Snowflake Notebooks
- 32:02 38. StreamlitとSnowflake Notebooksを用いたバーチャルスクリーニング
- 32:36 39. In silico創薬「化合物類似度の評価（タニモト係数）」
- 33:32 40. 結果
- 37:28 41. Snowflake利用のメリット
- 38:48 42. Snowflakeのその他トピック
- 38:50 43. マルチオミックス解析環境
- 40:09 44. 無料トライアル
- 40:50 45. 将来の展望
- 40:57 46. Data Clean Room（データ匿名化）
- 42:32 47. LLM機能
- 43:33 48. 最後に
- 43:55 49. 質問タイム
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240712_Snowflake.mov