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Integrative Genomics Viewer (IGV) を使ってゲノムデータを可視化する
Integrative Genomics Viewer (IGV)は、カリフォルニア大学サンディエゴ校やマサチューセッツ工科大学、ハーバード大学のブロード研究所の開発チームが提供する、自分のPC上で動作可能なゲノムビューワーです。IGVは、種々のゲノムやメタデータを柔軟に統合できる優れたツールで、研究者が自ら作成したデータはもちろん、公開データも扱えます。必要なファイルが手元にあれば、すべての作業を自分のマシン上で行うことができるので、これらの情報を非常に速く表示することができます。今回の動画では、デスクトップ版とブラウザ版の2種類のIGVについて、ソフトウェアのインストール、ゲノム・アノテーションデータの読み込み、表示の切替、検索、特定の塩基配列の取得などの基本的な操作方法を紹介します。
Highlights
- 00:07 1. Integrative Genome Viewer (IGV) について
- 00:39 2. デスクトップ版IGVのインストール方法
- 02:26 3. IGVの操作方法について
- 03:20 4. 閲覧したい染色体・座標の選択
- 04:13 5. アノテーションの追加
- 06:35 6. 遺伝子名からの座標検索
- 06:47 7. 選択部分の塩基配列の取得
- 07:18 8. ブラウザ版IGVの利用方法
- 08:12 9. 共有機能について
- 08:38 10. 選択部分の塩基配列の取得
- 09:44 11. Google Driveとの同期方法
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240704_IGV_basic.mov