ApE(A plasmid Editor)は塩基配列の可視化やプラスミドの構築（デザイン）を行うためのソフトウェアで、Mac、Windows、Linuxベースのマルチプラットフォームで利用可能です。ユタ大学のM. Wayne Davis が開発したプログラムで無料で利用することができます(原著論文: ApE, A Plasmid Editor: A Freely Available DNA Manipulation and Visualization Program)。 ApEは、配列に対して手動で、あるいはユーザーが定義した特徴ライブラリを用いて柔軟にアノテーションを付けることができます。ApEを使用することで、PCR、ギブソンアセンブリー、制限酵素-ライゲーションアセンブリー、ゴールデンゲートアセンブリーなどのクローニング手法のインシリコシミュレーションを通じて、プラスミドや他のDNA構築物 (コンストラクト) を設計することが可能です。さらに、ApEは視覚的に優れた直鎖状および環状プラスミドマップを作成するためのプラットフォームも提供しています。今回の動画では、制限酵素を使わずに複数の目的断片をプラスミドにクローニングする方法であるギブソンアセンブリー法を用いたプラスミド構築を例にApEの使い方を紹介します。 サンプルとして使用している配列はAddgeneから取得したgfasPurple chromoprotein、またプラスミドは、pUC119-MCSです。(参考動画: Addgeneを使って登録されているプラスミド配列を検索し取得する)