バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）にシングルセルRNA-Seqデータを登録する @ Bio”Pack”athon2024#5
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NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）にシングルセルRNA-Seqデータを登録する @ Bio”Pack”athon2024#5
2024年5月22日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #5から、露崎弘毅氏による「NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）にシングルセルRNA-Seqデータを登録する」をお送りします。本講演では、米国が運営している研究機関National Center for Biotechnology Information（NCBI）の遺伝子発現データベースGene Expression Omnibus（GEO）にシングルセルRNA-Seqデータを登録した体験談や、注意すべき点について紹介しています。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 01:09 1. GEOとは？
- 01:50 2. アカウント作成
- 03:21 3. データ登録手順
- 03:36 4. データタイプ
- 04:18 5. 必要なデータ3種
- 05:36 6. 登録までの主なステップ
- 08:02 7. メタデータスプレッドシートのダウンロード
- 09:15 8. 補足: メタデータスプレッドシートの目的
- 09:51 9. 実際に記入したExcelファイルで説明
- 15:13 10. データ登録作業
- 16:30 11. Raw/Processedデータの転送（FTP）
- 19:12 12. メタデータスプレッドシートの提出
- 20:20 13. データ公開日時
- 20:50 14. GEOとのやりとり
- 21:45 15. 公開予定のGSE/GSMページ
- 23:28 16. まとめ
- 24:40 17. 質問タイム
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240525_GEO_singlecell_submit.mov