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NGSによる遺伝子型判定エラーを低減・修正するツールMCPtaggRとGBSceanRの紹介 @ Bio”Pack”athon2024#4

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NGSによる遺伝子型判定エラーを低減・修正するツールMCPtaggRとGBSceanRの紹介 @ Bio”Pack”athon2024#4

2024年4月24日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #4から、古田 智敬氏による「NGSによる遺伝子型判定エラーを低減・修正するツールMCPtaggRとGBSceanRの紹介」をお送りします。本講演では、隠れマルコフモデル(HMM)を利用して、SNPデータのエラーを低減・修正するR/Bioconductorパッケージである「GBScleanR」と、両親ゲノム配列を比較し、信頼できる配列を同定するRパッケージである「MCPtaggR」について紹介しています。 この講演動画は、Bio”Pack”athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
  • ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
  • ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

Highlights

  • 00:31 1. 発表内容
  • 01:04 2. 自己紹介
  • 03:19 3. 開発モチベーション
  • 09:40 4. GBSceanRとMCPtaggRの概要
  • 09:45 5. GBSceanRパッケージの概要
  • 28:40 6. MCPtaggRパッケージの概要
  • 33:51 7. パッケージングの苦労話と成果
  • 37:50 8. 質問タイム

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240430_furuta.mov

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