RNAseqChefは、RNA-seqにより得たカウントデータを自動的に解析・可視化するウェブアプリケーションです(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane、日本語マニュアル)。単一のデータセットの解析だけでなく、複数のデータセットの結果を統合解析することができるほか、RNA-seqのカウントデータからChIP-seqやATAC-seqの解析で得られた遺伝子セットを抽出・解析するマルチオミクスな解析も可能です。解析結果は画像、テーブル、ドキュメント形式でまとめてダウンロードすることができます。本動画では、3 conditions DEG (3群間多重比較の遺伝子発現変動解析) の使い方について詳細に解説します。
また、RNAseqChefは本動画の撮影時点ではウェブサーバー上でも実行可能ですが、アクセスの集中などの要因で繋がらない、実行できない場合などが考えられます。さらに、サンプルサイズが大きいデータ(n ＞ 50)の解析など、サーバーのメモリ上限の都合上、解析を実行できない場合もあります。このような問題を解消するために、Docker版のソフトウェアを用いてRNAseqChefを実行する手順についても紹介します。Docker版では、サーバー上にデータをアップロードせずにお手持ちのPC内で解析を実行するため、守秘義務のあるデータも安心して解析することができます。
RNAseqChefの使い方については合わせて、「RNAseqChef を使って公共データベース上のRNA-seqデータに対して2群間の比較解析を行う」および「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール @ 日本エピジェネティクス研究会リソースセミナー」もご覧ください。