UCSC Table Browserを使ってcDNAの配列ファイルをダウンロードする

UCSC Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 (UCSC) が開発しているUCSC Genome Browserの中のコンテンツの一つで、UCSC Genome Browserで閲覧可能な多様なアノテーショントラックからデータの属性に基づいてフィルターをかけたり、別のトラックのデータとの結合による交点を取得するなど、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧し取得することができるサービスです。
今回は、Table Browserを使ってヒトのcDNA (complementaly DNA) 配列をすべてダウンロードする方法について紹介します。この目的を達成するために関連するトラックとして、RefSeq Alignments、UCSC RefSeq、RefSeq Select and MANEの3つがありますが、それらの違いについても解説しています。

Highlights

  • 00:10 1. UCSC Genome Browserの概要
  • 00:28 2. Table Browserの概要
  • 00:58 3. Table Browserの使い方
  • 02:05 4. TrackをGenome Browserで検索する
  • 04:19 5. Trackの統計値を確認する
  • 06:38 6. データのダウンロード方法について

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240327_UCSC_cDNA.mov