バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Python、R、Juliaの仮想環境管理(env系)ツールのまとめ @ Bio”Pack”athon2024#3
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Python、R、Juliaの仮想環境管理(env系)ツールのまとめ @ Bio”Pack”athon2024#3
2024年3月21日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #3から、露崎弘毅氏による「Python、R、Juliaの仮想環境管理(env系)ツールのまとめ 」をお送りします。同じ計算機上で異なるバージョンのプログラミング言語や、そのパッケージを利用する際には、互いに干渉し合わないように、Condaやvirtualenvといった仮想環境の利用が不可欠です。本講演では、PythonやR、Juliaにおける仮想環境に関して現在どのような議論があり、どういったツールが提案されているのかを紹介した上で、各自のタスクにあったツールを提案します。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:06 1. 仮想環境とは
- 03:58 2. Pythonの仮想環境管理ツール
- 05:15 3. 良いまとめサイト
- 07:31 4. pyOpenSci
- 07:49 5. 仮想環境の管理
- 09:57 6. パッケージの管理
- 12:00 7. Pythonのバージョン管理
- 13:19 8. パッケージビルド（開発者向け）
- 14:31 9. パッケージの公開（開発者向け）
- 15:30 10. 1.〜5.のハイブリッド
- 19:23 11. 補足: 依存パッケージの設定ファイル
- 19:40 12. requirements.txt
- 21:55 13. pyproject.toml
- 23:05 14. Lockファイル
- 25:25 15. environment.yml
- 29:06 16. Dephell（設定ファイル変換ツール）
- 29:42 17. 結局どのツールを使えば良いのか（バイオインフォ業界向け）
- 33:03 18. pyOpenSciのフローチャート
- 33:50 19. 各ツールのユーザー数
- 35:04 20. R言語の場合
- 36:48 21. Julia言語の場合
- 38:50 22. anyenv、asdf（あらゆる言語向け）
- 40:02 23. まとめ
- 44:38 24. 質問タイム
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240325_Env.mov