公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
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NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているRNA-seqデータを解析する
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にRNA-seqやマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。
今回は、データ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2Rを使って公開されているRNA-seqデータを解析する方法について紹介します。GEO2Rの利用はこれまでマイクロアレイデータに限定されていましたが、2024年3月現在、ベータ版としてヒトのRNA-seqデータにも適用できるようになっています。(ヒトのデータであっても新規追加されたデータでは利用できない場合があります。)
今回は、データ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2Rを使って公開されているRNA-seqデータを解析する方法について紹介します。GEO2Rの利用はこれまでマイクロアレイデータに限定されていましたが、2024年3月現在、ベータ版としてヒトのRNA-seqデータにも適用できるようになっています。(ヒトのデータであっても新規追加されたデータでは利用できない場合があります。)
Highlights
- 00:09 1. GEO2Rについて
- 01:20 2. GEO2Rの使い方について
- 03:01 3. 解析結果の表から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する
- 03:33 4. カラムの追加および解析結果のダウンロード方法について
- 04:29 5. 解析結果の図表から処理区ごとの遺伝子発現パターンを確認する
- 06:24 6. 解析手法の詳細な設定変更について
- 07:04 7. Profile graphを利用して特定の遺伝子発現プロファイルを確認する
- 07:38 8. 解析で利用したR scriptを確認する
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240324_GEO2R_RNA-seq.mov