UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
今回は、自分のデータをカスタム注釈トラックとしてUCSC Genome Browserに追加し表示(Add Custom Tracks)する方法について紹介します。現在VCF, BED, GTF, WIG形式などさまざまなファイル形式がカスタムトラックの作成に利用できます(公式ドキュメント: Displaying Your Own Annotations in the Genome Browser)。Wiggle形式 (WIG形式) は、密で連続なデータを表現する形式で、GC率やChIP-Seqのデータなどを表示するためによく使用されています。また、Variant Call Format形式 (VCF形式) は、ゲノム解析で頻繁に利用されるファイル形式で、Single Nucleotide Variants (SNVs) やCopy Number Variants (CNVs) などの遺伝バリアントを記述する形式です。