バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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最短で習得するPythonパッケージ開発入門 @ Bio”Pack”athon2024#2
2024年2月17日に開催されたBio"Pack"athon 2024 #2から、露崎弘毅氏による「最短で習得するPythonパッケージ開発入門」をお送りします。本講演では、前半ではPythonパッケージの開発ツールであるsetuptoolsやPoetryの使い方を紹介し、後半ではR, Python, Juliaの3言語でのパッケージ開発に携わった講演者から見た言語のポリシーや取り巻く状況の違いに関して議論をしました。発表資料はGitHub上で公開されており、MITライセンスのもと自由にご利用いただけます。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:00 1. 最短で習得するPythonパッケージ開発入門
- 00:15 2. Pythonパッケージ開発に関する資料
- 02:53 3. 本日の発表資料@GitHub
- 03:59 4. __init__.py, __all__, サブパッケージの説明
- 04:11 5. Level0（Pythonスクリプトをディレクトリに入れる）
- 05:56 6. パッケージのimportの仕方
- 07:38 7. Level1（__init__.py, __all__の利用）
- 12:39 8. Level2（サブパッケージと__init__.py）
- 13:48 9. Setuptools, Twineを利用した開発（旧方式）
- 14:02 10. 1. 仮想環境構築
- 15:18 11. 2. ディレクトリ構成
- 17:55 12. 2.1 パッケージ、モジュール
- 19:00 13. 2.3 setup.py
- 20:19 14. 3. テスト
- 22:45 15. 4. インストール
- 23:00 16. 補足: Editable Install
- 24:30 17. 5. ビルド
- 25:22 18. 6. 配布
- 26:10 19. TestPyPIとPyPI
- 26:30 20. 7. CI
- 28:00 21. poetryを利用した開発（新方式）
- 28:13 22. 1. ディレクトリ構成
- 29:20 23. pyproject.toml
- 30:07 24. 仮想環境構築
- 30:45 25. 依存パッケージの追加
- 32:38 26. 補足: poetry.lock
- 36:05 27. 2. テスト
- 36:10 28. 3. インストール
- 36:26 29. 4. ビルド
- 36:40 30. 5. 配布
- 37:46 31. その他の設定ファイル（オプション）
- 43:57 32. 旧方式/新方式対応表
- 46:07 33. R, Python, Juliaの比較
- 53:40 34. まとめ
- 54:27 35. 質問タイム
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240228_PythonPackage.mov