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RNAseqChef を使って公共データベース上のRNA-seqデータに対して2群間の比較解析を行う
RNAseqChefは、RNA-seqにより得たカウントデータを自動的に解析・可視化するウェブアプリケーションです(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane、日本語マニュアル)。単一のデータセットの解析だけでなく、複数のデータセットの結果を統合解析することができるほか、RNA-seqのカウントデータからChIP-seqやATAC-seqの解析で得られた遺伝子セットを抽出・解析するマルチオミクスな解析も可能です。解析結果は画像、テーブル、ドキュメント形式でまとめてダウンロードすることができます。本動画では、Pair-wise DEG (２群間比較の遺伝子発現変動解析) の使い方について詳細に解説します。
合わせて、「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール @ 日本エピジェネティクス研究会リソースセミナー」もご覧ください。
合わせて、「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール @ 日本エピジェネティクス研究会リソースセミナー」もご覧ください。
Highlights
- 00:10 1. RNAseqChefの概要
- 02:27 2. 公共データベースGREINからのデータの取得
- 04:59 3. Pair-wise DEG: インプットデータ・セッティングパネルの設定
- 07:24 4. Pair-wise DEG: Result overview の説明
- 08:21 5. Pair-wise DEG: GOI (Genes of interest) profiling の説明
- 09:39 6. Pair-wise DEG: Enrichment analysis の説明
- 10:35 7. 解析結果とレポートの一括ダウンロード
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240226_RNAseqChef.mov