Clustal Omega (「クラスタルオメガ」と読みます) はガイド ツリーと HMM プロファイル-プロファイル技術を使用して3 つ以上の配列間のアラインメントを生成する複数配列アラインメント プログラムです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回は、European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)(欧州バイオインフォマティクス研究所) で開発、維持されているJob DispatcherサービスのClustal Omegaを使って多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。作成した系統樹データは、Jalview、Mview、Simple Phylogenyなどの可視化ビューアへ直接エクスポートし、アラインメントの結果を視覚的に確認することもできます。今回は例として、ヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーのアミノ酸配列を サンプル配列として用います。