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ShinyGOを使ってエンリッチメント解析を行う
ShinyGOは、サウスダコタ大学(SDSU)の研究チームにより開発・維持されている、エンリッチメント解析が行えるWebツールです。ShinyGOでは、Ensembl、Ensembl Plants、Ensembl Metazoaに登録されている420以上の動植物に対応しています。また、STRING-db(v.11)に登録されている細菌や真菌を含む5000のゲノムがアノテーションされており、解析対象とすることができます。タンパク質間相互作用やパスウェイ同士の関係性などをはじめとする機能解析でよく用いられるさまざまなデータベースを対象にエンリッチメント解析を行うことが可能で、入力した遺伝子リストの特性などを多角的に捉えることができるのが特長です。
Highlights
- 00:10 1. ShinyGOの概要紹介
- 00:58 2. 対応している生物種
- 01:22 3. 生物種の検索
- 01:41 4. 生物種の選択
- 02:08 5. 遺伝子リストの入力
- 02:41 6. バックグラウンド遺伝子リストの入力
- 03:01 7. パスウェイデータベースの選択
- 03:44 8. Enrichmentタブの紹介
- 04:11 9. Chartタブの紹介
- 04:41 10. Treeタブの紹介
- 05:05 11. Networkタブの紹介
- 05:50 12. KEGGタブの紹介
- 06:17 13. Genesタブの紹介
- 06:33 14. Plotsタブの紹介
- 06:45 15. Genomeタブの紹介
- 07:20 16. Promoterタブの紹介
- 07:50 17. STRINGタブの紹介
- 08:39 18. まとめ
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231204_ShinyGO.mov