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PathVisio を使って生物学的パスウェイ図を描画・編集・公開する / How to Utilize PathVisio for Drawing, Editing and Publishing Biological Pathway Diagrams
PathVisioは、生物学的なパスウェイ図の描画、編集、解析が可能な無料のオープンソースのソフトウェアです。最新の動画（2025年度版）は、こちらからご覧ください。このソフトウェアは、生物の各種パスウェイに関する情報を統一された形式で共有するオープンアクセスのプラットフォーム「WikiPathways」と密接に連携しています(統合TV動画マニュアル)。本動画では、論文に掲載されたパスウェイ図をもとに、WikiPathways向けの解析・可視化・編集可能なパスウェイ図を作成し、公開する手順を紹介します。
Highlights
- 00:25 1. PathVisioの概要
- 00:47 2. PathVisioソフトウェアのインストール
- 02:53 3. ソフトウェアのセットアップ
- 04:41 4. 図の新規作成
- 05:18 5. 代謝物のノードの作図
- 06:57 6. 代謝物の変換反応の作図
- 07:20 7. 代謝物のノードと触媒反応の作図
- 09:17 8. 文献情報の追加
- 09:43 9. 図の保存
- 09:59 10. WikiPathwaysアカウントの作成
- 10:37 11. 図のアップロード
- 11:31 12. アップロードした図の確認
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231114_PathVisio.mov