バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Rパッケージ「tomoseqr」の開発とBioconductorへの登録 @ Bio”Pack”athon2023#10
2023年10月18日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #10から、松澤 亮輔 氏による「Rパッケージ「tomoseqr」の開発とBioconductorへの登録」をお送りします。本講演では、松澤氏が開発したRNAトモグラフィデータを利用して遺伝子の3次元空間発現分布を推定するRパッケージであるtomoseqrの概要と、パッケージをBioconductorに登録するまでの手順を紹介します。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:44 1. tomo-seq
- 01:46 2. RNA tomography
- 02:57 3. RNA tomography用のスクリプト（MATLAB）
- 03:54 4. 利用上のハードル
- 05:12 5. Rパッケージ「tomoseqr」の開発
- 05:50 6. 再構成のためのコード
- 06:32 7. masker（maskデータ作成ツール）
- 07:48 8. imageViewer（再構成結果可視化ツール）
- 08:40 9. Bioconductorへの登録
- 15:21 10. 再構成の信頼度評価
- 18:56 11. Rust製コマンドラインツールにGUIを実装（Tauri）
- 20:20 12. 質問タイム
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231028_biopackathon_tomoseqr.mov