公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
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The Human Protein Atlasを使ってヒトのタンパク質発現情報を調べる/How to Utilize The Human Protein Atlas to Find Information on Human Protein Expression
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The Human Protein Atlasを使ってヒトのタンパク質発現情報を調べる/How to Utilize The Human Protein Atlas to Find Information on Human Protein Expression
The Human Protein Atlas(HPA)は、スウェーデンの研究グループ(スウェーデン王立工科大学、ウプサラ大学、SciLifeLab)が提供している、ヒトのタンパク質の発現情報データベースです。抗体ベースのイメージング、トランスクリプトミクス、システム生物学など様々なオミクス技術を統合して、細胞や組織、臓器に存在するヒトのタンパク質発現を多角的に調べることができるウェブサイトです。2023年6月にアップデートされた最新バージョン (version 23) では、ゲノムアセンブリ(Ensembl v109)の更新とタンパク質間相互作用の新セクションが追加され、11,000以上の遺伝子のタンパク質間相互作用ネットワークを、3,000近い遺伝子の代謝マップとともに調べることができます。また、組織セクションでは、ヒト遺伝子の80%以上について、44の正常組織の免疫組織化学ベースのタンパク質発現プロファイルと54組織のmRNA発現データを同時に調べることができます。
Highlights
- 00:09 1. HPAの概要
- 00:35 2. タンパク質の検索
- 01:10 3. セクション名の紹介
- 01:26 4. 信頼性スコアの紹介
- 01:45 5. タンパク質の詳細ページ
- 01:58 6. 各セクションの概説
- 04:50 7. PROTEIN SUMMARYの紹介
- 08:01 8. 使用抗体の販売ページ
- 08:11 9. TISSUEセクションの紹介
- 11:30 10. PROTEIN STRUCTUREセクションの紹介
- 12:34 11. INTERACTIONセクションの紹介
- 14:07 12. まとめ
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230922_HPA.mov