バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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ワークフローツールの開発 @ Bio”Pack”athon2023#8
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ワークフローツールの開発 @ Bio”Pack”athon2023#8
2023年8月17日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #8から、露崎 弘毅 氏による「ワークフローツールの開発」をお送りします。本講演では、ワークフロー言語で構築したデータ解析ワークフローを、他のユーザーのデータに対しても利用できる形態で公開した事例や、その開発手順を紹介しています。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:13 1. 自分のキャリア
- 01:11 2. 目次
- 01:26 3. ワークフローとは
- 03:36 4. ワークフロー言語とは
- 07:09 5. なぜワークフロー言語を書くのか
- 12:10 6. 開発事例
- 16:37 7. 開発手順
- 16:44 8. 関連TogoTV
- 17:10 9. Step 0: LICENSE
- 17:37 10. Step 1: テストデータを用意
- 18:21 11. Step 2: ワークフローを構築
- 19:44 12. Step 3: シェルスクリプトでラッパーを作成
- 20:34 13. Step 4: テスト、CI（GitHub Actions）
- 22:32 14. Step 5: リリース
- 23:38 15. Step 6: README
- 24:55 16. まとめ
- 25:20 17. 質問タイム
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230830_workflow.mov