公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う
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NCBI GEO を使ってRNA-seqデータを検索する
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NCBI GEO を使ってRNA-seqデータを検索する
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にRNA-seqやマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、目的のRNA-seq実験データセットをキーワード検索するだけでなく、適切な絞り込みや便利な検索式などを駆使して検索する方法や、該当する実験データのSummaryやメタデータを一括で取得する方法、プラットフォームの登録実験数が多すぎるときの対処法などについて説明しています。
今回は、目的のRNA-seq実験データセットをキーワード検索するだけでなく、適切な絞り込みや便利な検索式などを駆使して検索する方法や、該当する実験データのSummaryやメタデータを一括で取得する方法、プラットフォームの登録実験数が多すぎるときの対処法などについて説明しています。
Highlights
- 00:10 1. NCBI GEOについて
- 00:22 2. NCBI GEOにアクセスする
- 00:42 3. 生物種でRNA-seqデータを検索する
- 02:12 4. 興味のあるキーワードで検索する
- 02:58 5. キーワードを組み合わせて検索する
- 03:53 6. Summaryをダウンロードする
- 04:22 7. SRA Run Selectorを用いてメタデータをダウンロードする
- 05:23 8. 拡張子の変更方法
- 06:02 9. プラットフォーム別に検索する
- 07:02 10. 登録データ数が多い場合の対処法
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230817_GEO_search.mov