バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Journal of Open Source Software（JOSS）誌の紹介 @ Bio”Pack”athon2023#6
2023年6月14日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #6から、露崎弘毅氏による「Journal of Open Source Software（JOSS）誌の紹介」をお送りします。本講演では、オープンソースソフトウェア（OSS）のソースコードの査読に重点を置いた科学雑誌であるJournal of Open Source Software（JOSS）や、実際に2つのRパッケージをJOSS誌に投稿した時の手順や、体験談について紹介しています。この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:20 1. JOSSとは
- 02:57 2. 自分が投稿したJOSS論文
- 03:32 3. Step1: ツールはGitHub上に配置
- 03:52 4. Step2: 各種バッジをREADME.mdに埋め込む
- 04:35 5. Step3: LICENSEを配置
- 05:26 6. Step4: CIを設定
- 08:59 7. Step5: paper.md, paper.bibを配置
- 10:26 8. Step6: コンパイルテスト（Docker方式）
- 11:44 9. Step6: コンパイルテスト（GitHub Actions方式）
- 12:18 10. Step6: コンパイルテスト（Whedon方式）
- 13:05 11. Step7: JOSSに投稿（本番）
- 15:02 12. Step8: 査読
- 20:36 13. 追加で用意したマークダウンファイル
- 23:16 14. 追加で行ったテスト
- 24:58 15. Step9: 公開に関する手続き
- 25:45 16. 補足: DOI
- 26:20 17. 補足: Zenodo
- 27:37 18. まとめ
- 28:32 19. 質問タイム
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230621_JOSS.mov