ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析をする
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Degustを使ってRNA-Seqデータの発現変動遺伝子解析をする
DegustはRNA-Seq解析をWeb上で行うことができるツールです(David Powell. (2019). drpowell/degust 4.1.1 (4.1.1). Zenodo. DOI:10.5281/zenodo.3501067)。リードカウントデータ(CSVファイル）をアップロードするだけで使い始めることができ、発現変動遺伝子(Differentially expressed genes)解析を中心にインタラクティブなデータ解析をすることができます。今回は、ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する @ AJACSオンライン14で利用された GSE90600 のデータを利用し、Degustの基本的な使い方について紹介します。
Highlights
- 00:09 1. Degustの紹介
- 00:40 2. GEOから解析するデータをダウンロードする
- 02:14 3. Degustにカウントデータをアップロードする
- 03:08 4. 実験デザインをアップロードする
- 04:46 5. 解析結果を確認する
- 07:02 6. データのクオリティを確認する
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230328_Degust.mov