バイオインフォマティクスツール・パッケージを自作する

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理解して使うRNA Velocity解析ツール -実践編- @ Bio”Pack”athon2023#2

2023年2月8日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #2から、芳村 美佳 氏による「理解して使うRNA Velocity解析ツール -実践編-」(講演資料)をお送りします。本講演では、シングルセルオミックス分野で行われるRNA Velocity解析について解説しています。RNA Velocityは、intron由来のsplicedなRNAと、exon由来のunsplicedなRNAの比率に着目することで、細胞の分化の向きをベクトル場として可視化する技術です。velocytoやscVeloといったオープンソースなツールが広く利用されています。しかしながら、背景にある理論が複雑であることから、ブラックボックスとして利用してしまっているユーザーが多くいることと思います。そのため、今回は「理解して使うRNA Velocity解析ツール」と題して、RNA Velocity解析に関する様々なトピックを紹介します。この動画では、そのうちのRNA Velocity解析ツールの使い方について解説します。 この講演動画は、Bio”Pack”athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
  • ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
  • ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

Highlights

  • 00:12 1. 自己紹介
  • 00:59 2. 概要
  • 06:26 3. 解析環境構築
  • 08:07 4. velocytoの実行
  • 10:42 5. scVeloの実行
  • 14:14 6. Smart-Seq2データのRNA Velocity解析
  • 25:38 7. まとめ
  • 26:48 8. 10X ChromiumデータのRNA Velocity解析
  • 35:07 9. まとめ
  • 35:37 10. 全体のまとめ
  • 39:09 11. 質問タイム

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230216_02_yoshimura.mov

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