バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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理解して使うRNA Velocity解析ツール -理論/基礎編- @ Bio”Pack”athon2023#2
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この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/UxVj3yLeE2I
理解して使うRNA Velocity解析ツール -理論/基礎編- @ Bio”Pack”athon2023#2
2023年2月8日に開催されたBio"Pack"athon 2023 #2から、露崎 弘毅 氏による「理解して使うRNA Velocity解析ツール -理論/基礎編-」(講演資料)をお送りします。本講演では、シングルセルオミックス分野で行われるRNA Velocity解析について解説しています。RNA Velocityは、intron由来のsplicedなRNAと、exon由来のunsplicedなRNAの比率に着目することで、細胞の分化の向きをベクトル場として可視化する技術です。velocytoやscVeloといったオープンソースなツールが広く利用されています。しかしながら、背景にある理論が複雑であることから、ブラックボックスとして利用してしまっているユーザーが多くいることと思います。そのため、今回は「理解して使うRNA Velocity解析ツール」と題して、RNA Velocity解析に関する様々なトピックを紹介します。この動画では、そのうちの基礎となる理論について解説します。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:14 1. 自己紹介
- 01:09 2. 1細胞オミックスとは
- 02:16 3. 1細胞RNA-Seq解析の基本的な流れ
- 04:53 4. 離散的な構造、連続的な構造
- 06:28 5. 分化経路推定周りの発展
- 09:10 6. 補足: ベクトル場
- 09:49 7. RNA Velocity解析とは（ダイジェスト版）
- 11:24 8. RNA Velocity解析とは（詳細版）
- 17:58 9. ベクトルの見せ方の違い
- 19:24 10. モデルの違い
- 21:26 11. データの適用範囲やモデルの拡張
- 23:27 12. RNA Velocity解析がうまくいかないケース
- 25:45 13. Differential Kinetic Test
- 25:58 14. 経験談
- 33:30 15. まとめ
- 34:22 16. 質問タイム
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230215_01_tsuyuzaki.mov