生命医科学における多様なデータの統合と俯瞰からの探索的な知の創出に向けて @ 2022年度 情報・システム研究機構シンポジウム

本日の統合TVは、2022年12月23日に開催された2022年度情報・システム研究機構シンポジウムから、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 片山 俊明 による「生命医科学における多様なデータの統合と俯瞰からの探索的な知の創出に向けて」をお送りします。

Highlights

  • 00:07 1. ライフサイエンス統合データベースセンター
  • 00:54 2. 生命科学データベースの特質
  • 02:57 3. ライフサイエンス"統合データベース"センター
  • 06:00 4. セマンティック・ウェブ
  • 08:00 5. >30億エントリ、>20兆塩基 国際塩基配列データベース
  • 10:10 6. UniProtタンパク質DBの例
  • 11:16 7. 約20万構造→約2億構造 タンパク質立体構造DB
  • 13:07 8. 知識グラフ(RDF)で統合された主要な生命医科学DB
  • 13:45 9. RDFポータル
  • 14:24 10. RDFは既存のエコシステムがなくフルスタックの再開発が必要 データベース構築に必要な技術スタックの例
  • 15:16 11. 知識グラフによるデータ統合と研究のサイクル
  • 15:51 12. TogoGenome (2013-)
  • 16:58 13. TogoGenomeでの実証実験
  • 17:57 14. TogoVar (2018-)
  • 18:54 15. TogoVarの論文化
  • 19:38 16. TogoVarの検索インターフェイス
  • 20:12 17. TogoStanza/MetaStanzaによる可視化要素の再利用
  • 20:52 18. MetaStanza
  • 21:26 19. TogoDX: 統合データの内訳を俯瞰・探索
  • 22:44 20. TogoDX: 統合データ探索例
  • 24:17 21. データサイエンスのためのデータベースとは
  • 26:06 22. データ統合による生命システムの多面的な理解へ

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