バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記 @ Bio”Pack”athon2022#11
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細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記 @ Bio”Pack”athon2022#11
2022年5月11日に開催されたBio"Pack"athon 2022 #11から、飯田 渓太 氏による「細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記」をお送りします。本講演では、飯田氏が開発したシングルセル遺伝子発現解析を行うRパッケージであるASURAT (functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes)(原著論文)の概要と、パッケージをBioconductorに登録するまでの手順を紹介します。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:25 1. アジェンダ
- 00:23 2. 1ASURATの紹介（前半）
- 01:25 3. シングルセル遺伝子発現データ解析
- 08:07 4. 知識データベースの活用
- 11:45 5. ASURAT: 細胞の多面的分類を行う
- 17:00 6. Rapport
- 18:50 7. Bioconductor奮闘記（後半）
- 30:42 8. まとめ
- 31:49 9. 質問タイム
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221109_iida.mov