バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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jqっぽくGenBankファイルをいじくりまわすツール｢GTS｣ @ Bio”Pack”athon2022#5
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jqっぽくGenBankファイルをいじくりまわすツール｢GTS｣ @ Bio”Pack”athon2022#5
2022年5月11日に開催されたBio"Pack"athon 2022 #5から、LAPRAS株式会社の ことね 氏による「jqっぽくGenBankファイルをいじくりまわすツール｢GTS｣ 」をお送りします。本講演では、GenBankの配列操作を行うツール「GTS」について紹介します。GTSはGenome Transformation Subprogramsの略で、様々な配列操作をコマンドとして実行可能にするGo言語でパッケージングされたツールです。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:16 1. 自己紹介
- 01:19 2. GTSってなに？
- 02:14 3. GTSでなにができるの？
- 03:11 4. GTSは21個の便利なサブプログラムで構成されている
- 03:40 5. 複雑なワークフローもパイプでサクサク
- 05:17 6. 丁寧なヘルプテキスト
- 05:56 7. らくらくインストール
- 06:47 8. 実演デモ
- 15:52 9. なぜGTS作ったのか？
- 17:50 10. なぜツールになっていないことが問題なのか
- 22:41 11. Goの話
- 23:47 12. GTS実装におけるプログラミング言語の選定基準
- 31:39 13. GTSのアーキテクチャ
- 33:48 14. Go Report Cardでコードの評価
- 36:54 15. GTSのパッケージング
- 40:04 16. GTSのドキュメントの作成
- 44:06 17. 質問タイム
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221108_kotone.mov