バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Seurat の最近のトピック @ Bio"Pack"athon2022#10
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Seurat の最近のトピック @ Bio"Pack"athon2022#10
2022年10月12日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #10の露崎 弘毅 氏による「Seuratの最近のトピック」をお送りします。本講演では、シングルセルオミックス解析で最も使われている解析ツールであるSeurat(GitHub)の概要と、解析ステップごとの最近のトピックについて紹介します。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:15 1. 自己紹介
- 01:59 2. 目次
- 03:13 3. Seuratとは
- 13:20 4. Seuratの最近のトピック
- 13:26 5. 前処理・正規化
- 19:06 6. 次元圧縮
- 21:02 7. クラスタリング
- 22:19 8. 発現変動遺伝子検出
- 25:13 9. エンリッチメント解析
- 26:30 10. データ統合（Horizontal）
- 29:28 11. ラベル転移
- 33:26 12. Reciprocal PCA
- 35:01 13. データ統合（Vertical）
- 36:33 14. データ統合（Diagonal）
- 40:54 15. 摂動実験対応
- 41:57 16. 多プラットフォーム対応
- 42:57 17. オブジェクト変換
- 44:13 18. 拡張ツール
- 50:29 19. 今後の展開（予想）
- 56:39 20. まとめ
- 57:35 21. 質問タイム
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221020_seurat.mov