TogoIDを使って生命科学系データベースのさまざまなIDを探索的に変換する

TogoIDは、直感的なインターフェースにより生命科学系データベース(DB)のさまざまなIDのつながりを探索的に確認しながらID変換をすることができるウェブアプリケーションです。DBCLSによって開発・運用されています。TogoIDでは現在、多様な生物学的カテゴリをカバーする65のデータセットに対応しており、直接の対応がないID間であっても他のデータセットを経由した変換を多段的に行うことができます。また、従来のID変換サービスにない独自の機能として生物学的意味の解釈をしながらID変換を行うことができます。これはIDの対応関係の意味(セマンティクス)を定義するオントロジー(TogoID Ontology)を構築することによって実現しています。TogoIDでは、変換されたIDをすぐに他のサービスで利用できるようクリップボードにコピーする機能があるほか、変換されたIDリスト、IDに対応するURL、そして変換経路のすべてのIDを含むデータをCSV形式でダウンロードすることができます。対象DBのIDに関するメタデータや、IDペアの更新方法、更新頻度などをGitHubレポジトリ上で管理(togoid-config)することで、常に最新のID間の対応関係を得られるようにしています。ウェブインターフェイスだけでなく、APIも用意しており、他のアプリケーションからのID変換にも利用することができます。

Highlights

  • 00:00 1. TogoIDを使って生命科学系データベースのさまざまなIDを探索的に変換する
  • 00:09 2. TogoIDの概要
  • 01:31 3. EXPLOREタブを利用して同じカテゴリ内でID変換する
  • 02:35 4. 検索結果のデータベースの詳細
  • 04:15 5. ID変換結果をエクスポートする
  • 04:38 6. 異なるカテゴリ間でID変換する
  • 05:18 7. NAVIGATEタブを利用して経由するIDの候補を調べる
  • 05:51 8. 疾患IDから関連遺伝子IDを取得する
  • 07:47 9. DOCUMENTSタブの紹介
  • 07:55 10. TogoID API
  • 08:10 11. GitHubレポジトリ

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220920_TogoID.mov

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