バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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FANTOM5におけるUCSC Genome Browser Track Hubの利用とその展開 @ Bio”Pack”athon2022#9
2022年9月2日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #9の川路 英哉氏による「FANTOM5におけるUCSC Genome Browser Track Hubの利用とその展開」をお送りします。本講演では、FANTOM5プロジェクトの概要と、FANTOM5のデータをUCSC Genome Browser上に登録するための手順について紹介します。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:00 1. FANTOM5におけるUCSC Genome Browser Track Hubの利用とその展開
- 01:05 2. 自己紹介
- 02:48 3. シスエレメント
- 05:53 4. CAGE
- 07:40 5. FANTOM5
- 13:03 6. UCSC Genome Browser Databaseとは
- 16:29 7. UCSC Genome Browser Database: Custom Track
- 16:29 8. UCSC Genome Browser Database: Track Hub
- 20:14 9. Track Hubを使う (FANTOM5データで説明)
- 22:52 10. Track Hubを使う (Public Hubs)
- 24:25 11. Track Hubを作る (概要)
- 27:47 12. Track Hubを作る (設定ファイルの例)
- 28:55 13. Track Hubを作る (デバッグの仕方)
- 29:45 14. Track Hubを登録する (Public Hubs)
- 30:48 15. 設定ファイルのテンプレート (dirHubs)
- 31:50 16. その他のデータベースでのTrack Hub利用
- 32:53 17 まとめ
- 34:15 18 宣伝
- 38:11 19. 質問タイム
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220903_kawaji.mov