ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析をする

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Digital Expression Explorer 2 を使って解析済みRNA-seqデータを取得する

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Digital Expression Explorer 2 を使って解析済みRNA-seqデータを取得する

Digital Expression Explorer 2 (DEE2) は未処理のRNA-Seqデータ (fastqファイル) を解析し、解析済みデータとして公開するサービスです。公共データを利用する際に必要な、適切な計算機の用意やツールのインストール、ツールの実行を自身で行うことなく、公共データを再解析することができます。DEE2では SRA やGEOのアクセッション番号を入力することで、品質チェック結果と、transcriptごと、遺伝子ごとの発現定量の結果をダウンロードすることができます。本動画では、公共遺伝子発現データベース目次 All of gene expression (AOE) をm用いて、出芽酵母 (Saccharomyces cerevisiae) とエタノールの ストレスによる発現変動に関するデータを検索し、DEE2でそれらの解析済みデータを取得する方法について説明します。

Highlights

  • 00:09 1. DEE2の紹介
  • 00:40 2. AOEで解析するサンプルの検索
  • 01:58 3. 解析済みデータをダウンロードする
  • 02:48 4. DEE2で行われるQCについて
  • 03:52 5. ダウンロードされるデータについて

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220902_DEE2.mov

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