バイオインフォマティクスツール・パッケージを自作する

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ワークショップパッケージ導入手順 @ Bio”Pack”athon2021#10

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ワークショップパッケージ導入手順 @ Bio”Pack”athon2021#10

2021年10月13日に開催された、Bio"Pack"athon 2021 #10の露崎 弘毅氏による「ワークショップパッケージ導入手順」をお送りします。 本講習では、University of Colorado Anschutz School of MedicineのSean Davis氏が開発したワークショップパッケージ(BuildABiocWorkshop)について解説しています。 このワークショップパッケージを利用することで、RとR-Studioを利用した講習会を開く際に、受講者に事前にツールのインストールをさせずに、準備したプログラムを受講者のPC上で再現良く動作させられるようになります。 この講演動画は、Bio”Pack”athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
  • ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
  • ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

Highlights

  • 00:00 1. ワークショップパッケージ導入手順
  • 01:48 2. 事前に必要なもの、個人アクセストークンの設定
  • 03:34 3. テンプレートのコピー
  • 05:18 4. GitHub Actionsの設定
  • 08:16 5. シークレットの設定
  • 08:40 6. GitHub Pagesの設定
  • 10:02 7. ローカル環境での作業
  • 15:02 8. R-Studio起動
  • 18:02 9. 質問タイム

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220615_workshoppackage.mov

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