バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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データ前処理の便利関数 einsumの紹介 @ Bio”Pack”athon2021#12
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データ前処理の便利関数 einsumの紹介 @ Bio”Pack”athon2021#12
2021年7月14日に開催された、Bio"Pack"athon 2021 #12の露崎 弘毅氏による「データ前処理の便利関数 einsumの紹介」をお送りします。
本講習では、強力なデータ整形関数であるeinsumを紹介します。
einsumはアインシュタインの縮約記法というものをベースとした関数であり、行列・テンソルデータの形を変形させたり、複数の行列・テンソルを1つにまとめるためのコードを簡潔に記述できることから、様々なプログラミング言語が実装しています。
本講習では、特にデータがメモリに載らないような場合でも利用可能なOut-of-core（データを逐次的にメモリ上に展開）なeinsum実装についても紹介しています。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
Highlights
- 00:00 1. データ前処理の便利関数einsumの解説
- 00:12 2. アインシュタインの縮約記法
- 02:18 3. einsumとは
- 05:49 4. einsumでできること
- 08:51 5. 既存のeinsum実装
- 09:49 6. 既存のeinsum実装の課題
- 10:30 7. Out-of-coreとは
- 12:03 8. einsum(CRAN)
- 13:25 9. DelayedArray (Bioconductor)
- 14:23 10. DelayedTensor::einsum
- 15:34 11. 適用例
- 16:05 12. まとめ
- 16:46 13. 質問タイム
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220611_einsum.mov