バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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BioRubyのパッケージング @ Bio”Pack”athon2022#1
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この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/zFqOZSOqVSw
BioRubyのパッケージング @ Bio”Pack”athon2022#1
2022年1月12日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #1の後藤 直久氏による「BioRubyのパッケージング」をお送りします。
本講習ではRubyでのバイオロジー関連パッケージの作り方を紹介しています。Rubyは日本発で世界に広まったソフトウェアで、主にWeb開発などで使用されています。BioRubyはRubyで開発した生物情報科学用ライブラリとツール集です。前半ではBioRuby周辺の背景と歴史について、後半ではRubyのパッケージ管理システム「RubyGems」での公開を目指したパッケージ作成についてお話ししていただきました。Rubyでのパッケージ作成は他の言語と比べ敷居が低く、公開しやすいのが特徴です。Rubyのバイオロジー関連パッケージはBiogems.infoで参照することができます。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
- ・BioC Asia 2021の開催
Highlights
- 00:20 1. コンピュータ言語とバイオインフォマティクス
- 01:25 2. BioRubyとRubyについての紹介
- 07:25 3. BioRubyの機能と使用例
- 11:45 4. BioRubyのインストール方法
- 13:02 5. BioRubyの現状とコミュニティ
- 17:28 6. RubyGems：Rubyのパッケージ管理システム
- 19:05 7. Biogems：生命科学関連Rubyパッケージ集
- 19:47 8. Rubyパッケージの作り方
- 21:25 9. Bundler：Rubyのパッケージ依存関係管理システム
- 24:21 10. Rake：Rubyのビルド支援ツール
- 31:47 11. BioRubyのリリース手順
- 33:06 12. RubyGems登場以前のBioRuby
- 37:09 13. BioRubyの最近の方針
- 40:45 14. 質問タイム
- 45:12 15. Rubyでパッケージのビルドをテストするしくみはあるか？
- 51:50 16. BioRubyにおいてKEGG関連で気を付けることはあるか？
- 55:05 17. BioRubyでの活動について評価される機会はあるか？
Download the video file
220418_goto_BioRuby.mov