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データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ「targets」の紹介 @ Bio”Pack”athon2022#1

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データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ「targets」の紹介 @ Bio”Pack”athon2022#1

2022年1月12日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #1ニッタ ジョエル氏による「データ解析ワークフローを無駄なく、再現可能にするRパッケージ「targets」の紹介」をお送りします。約64分です。 本講習では、ワークフロー管理ツール「targets」の使い方をライブコーディングで紹介しています。targetsはR言語パッケージです。前半でワークフロー管理ツールの紹介とtargetsのライブコーディング、後半ではtargetsに関する質問について答えていただいています。講演中に用いたスライドはIntroduction to targetsで、targetsに関するリンク集はResources 資料で参照することができます。 この講演動画は、Bio”Pack”athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
  • ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
  • ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
  • Bioconductorへの登録サポート
  • BioC Asia 2021の開催
パッケージングに興味がある方、 パッケージ化したいデータベースや 解析手法がある方は、ぜひお気軽に ご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

Highlights

  • 00:40 1. 自己紹介
  • 02:02 2. ワークフローの課題と管理ツールの紹介
  • 05:57 3. Rのワークフロー管理ツール「targets」の紹介
  • 09:11 4. targetsで使う主な関数
  • 12:33 5. RStudioの設定・準備
  • 14:53 6. ワークフロープランの記述:_targets.R
  • 18:57 7. ワークフローの実行:tar_make関数
  • 26:38 8. ワークフローの状況を可視化:tar_visnetwork関数
  • 29:54 9. まとめ
  • 30:55 10. 質問タイム
  • 31:20 11. 質問:普段の解析でのtargetsの活用
  • 33:51 12. 質問:tar_target関数のお作法
  • 40:45 13. 質問:targetsで並列処理する方法
  • 53:12 14. 質問:targetsを使う際のRの環境構築
  • 55:18 15. 質問:他のワークフロー言語との違い

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220331_nitta_targets.mov

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