AlphaFold Protein Structure Database (AlphaFold DB)は、DeepMind社とEMBL-EBIの提携により作成されたタンパク質の予測立体構造のデータベースです。AlphaFold DBには、アミノ酸配列からタンパク質の立体構造を予測した結果がまとめられています。タンパク質の構造予測は、AlphaFoldというAIシステムによって行われました。 現在、UniProt のヒトのタンパク質と主要なモデル生物のタンパク質の予測立体構造が登録されています。単量体の立体構造のみが登録されており、化合物や核酸などとの複合体の立体構造は含まれていません。実験的に決定された立体構造がPDBから入手できる場合は、PDBから立体構造データを取得することを推奨します。PDBでは補酵素や他のタンパク質、核酸などとの複合体の立体構造も取得できます。 今回はAlphaFoldDBの基本的な検索方法と、Serine/threonine-protein kinase N3 (UniProtKB - Q6P5Z2 (PKN3_HUMAN))を例に用いて、予測立体構造データの見方や利用時の注意点などを紹介します。
2022年2月現在、AlphaFold DBに掲載されている全データは、Creative Commons Attribution 4.0 (CC-BY 4.0) ライセンスのもと、学術的・商業的に自由に利用することができます。(What license applies to the predictions?)