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PrimeDesign を使ってPrimeEditing用のガイドRNAを設計する
PrimeDesignは、逆転写酵素を利用したゲノム編集技術である Prime Editingをデザインするための設計支援ソフトウェアです。Prime Editingではゲノム編集をより正確かつ効率的に行うためにpegRNA (Prime Editing Guide RNA) とngRNA (Nicking Guide RNA) を使用します。PrimeDesignは、ゲノム編集を行いたい標的配列情報を基に、pegRNAとngRNAの配列をデザインするために有用なツールです。
Highlights
- 00:11 1. PrimeDesignの概要
- 00:39 2. 目的のゲノム編集のための塩基配列の記入方法
- 01:51 3. Recommended Designsの説明
- 03:00 4. Prime editing parametersの設定
- 04:11 5. Design tablesの説明
- 04:58 6. GGGenomeを用いたオフターゲット配列の検索
- 06:20 7. pegRNA secondary structureの説明
- 07:08 8. PooledDesign: Genome-wide手法の説明
- 08:23 9. PooledDesign: Saturation mutagenesis手法の説明
- 09:13 10. PrimeVarの説明
- 10:03 11. PrimeDesignのGitHubページについて
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220217_PrimeDesign.mov