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NCBI GenomeのBrowse by Organism機能とData Viewer機能を使って様々な生物種のゲノムを検索/比較する
NCBI Genomeは、NCBIが管理・運営しているゲノム情報に関するデータベースです。近年多くの新たな生物種のゲノム情報の登録が進んでおり、自分の興味のある生物種の塩基配列情報がどれだけ明らかになっているのかを迅速に調べることができます。今回は、まずNCBI GenomeのBrowse by Organism (Genome Information by Organism)機能を使って、登録されているゲノム情報を生物種から検索する方法を紹介します。続いて、研究でよく使用される生物種のゲノム情報について、系統樹から視覚的にわかりやすく検索できるように整理されていたり、ゲノムを比較することができるNCBI Genome Data Viewer (GDV) の使い方を紹介します。
Highlights
- 00:25 1. NCBI Browse by Organismを使ってゲノム情報を生物種から検索する
- 01:19 2. 例1: アジアゾウのゲノム情報の検索
- 02:52 3. 例2: SARS-CoV-2のゲノム情報の検索
- 04:49 4. NCBI Genome Data Viewerを使ってゲノム情報を生物種から検索する
- 06:03 5. コウモリのゲノム情報の検索
- 07:24 6. BLAST検索機能の紹介 (コウモリとSARS-CoV-2のゲノム比較)
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211110_NCBI_genome.mov