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遺伝子発現データベースを使って遺伝子リストの生物学的解釈をする(エクセルの活用) @ AJACSオンライン8
本日の統合TVは、2021年8月19日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン8から、バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 太田 紀夫 氏 による「遺伝子発現データベースを使って遺伝子リストの生物学的解釈をする(エクセルの活用)」をお送りします。
マイクロアレイやRNA-seqなどの遺伝子発現データから、意味のある遺伝子リストを作成するためには、いくつか注意しなければならないポイントがあります。今回の講習では、変動遺伝子を選択する際の基本的な考え方とリスト作成時の注意すべきポイントについて考えます。GEOから遺伝子発現のマトリクスデータを取得し、生物学系の研究者に馴染みの深いエクセルを用い、関数や詳細フィルター機能を使って、特別なプログラミングスキルがなくても、目的とする適切な遺伝子リストを自由に作れるようになることを目標とします。
マイクロアレイやRNA-seqなどの遺伝子発現データから、意味のある遺伝子リストを作成するためには、いくつか注意しなければならないポイントがあります。今回の講習では、変動遺伝子を選択する際の基本的な考え方とリスト作成時の注意すべきポイントについて考えます。GEOから遺伝子発現のマトリクスデータを取得し、生物学系の研究者に馴染みの深いエクセルを用い、関数や詳細フィルター機能を使って、特別なプログラミングスキルがなくても、目的とする適切な遺伝子リストを自由に作れるようになることを目標とします。
Highlights
- 02:59 1. 統計学について-統計学的有意差-
- 04:25 2. ファクターXの呪い-統計学的有意差と生物学的有意差-
- 06:53 3. 公共レポジトリの遺伝子発現データについて
- 08:05 3-1. NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)、EBI Array Express、Genomic Expression Archive(GEA)
- 10:18 3-2. EBI Expression Atlas、EBI Single Cell Expression Atlas
- 11:04 3-3. Digital Expression Explorer 2(DEE2)
- 11:58 3-4. 公共レポジトリの遺伝子発現データの良い点
- 12:41 3-5. 公共レポジトリの遺伝子発現データを取り扱う際の留意点
- 15:36 4. 遺伝子発現情報の「知識化」について考える
- 17:33 4-1. GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)
- 18:07 4-2. DAVID(The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)
- 18:43 4-3. GSEAとGSA (DAVIDなど)の比較
- 21:19 4-4. 糖鎖科学ポータル GlyCosmos
- 24:16 4-5. ChIP-seq統合データベース ChIP-Atlas
- 27:15 4-6. プロテオーム統合データーベース jPOST
- 29:54 5. 「信頼できるデータ区間と変動遺伝子の選抜方法」について考える
- 40:00 6. 「測定技術と検出限界」について考える
- 51:43 6-1. scRNA-seqデータの信頼区間
- 53:16 7. 「群分け」について考える
- 55:46 8. 「群の不均一性」と「数の力」について考える
- 01:00:04 8-1. RefEx
- 01:01:26 9. NCBI GEOから遺伝子発現データを取ってくる
- 01:05:41 10. エクセルTIPS
- 01:07:59 11. エクセル操作
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