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ウェブツールを使ってゲノム編集の標的サイトを検索する @ AJACSオンライン8
本日の統合TVは、2021年8月19日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン8から、プラチナバイオ株式会社 / 広島大学ゲノム編集イノベーションセンター 中前 和恭 氏 による「ウェブツールを使ってゲノム編集の標的サイトを検索する」をお送りします。
本講習では、だれでも無償かつ自由に使うことができるウェブツールを活用して、適切なゲノム編集を行うための標的検索とその考え方について学びます。また、さまざまな目的に特化した標的選定やゲノム編集後の解析に活用できるツールについても紹介しています。
本講習では、だれでも無償かつ自由に使うことができるウェブツールを活用して、適切なゲノム編集を行うための標的検索とその考え方について学びます。また、さまざまな目的に特化した標的選定やゲノム編集後の解析に活用できるツールについても紹介しています。
Highlights
- 09:20 1. ゲノム編集とは？
- 13:53 2. ゲノム編集を使ってノックアウトのための標的を設計する
- 13:53 2-1. CRISPR-Cas9を使ったノックアウト設計
- 21:00 2-1-1. CRISPRdirect
- 35:00 2-1-2. CRISPROR
- 46:05 2-2. CRISPR-Cas9を使ったノックアウト結果の予測
- 47:52 2-2-1. Microhomology-Predictor
- 55:43 2-2-2. InDelphi
- 01:08:11 3. より応用的なゲノム編集のためのデータベース・ツールを知る
- 01:10:15 3-1. CRISPR-Cas9によるノックイン設計ツール：PITCh designer 2.0
- 01:12:02 3-2. Base Editorによる塩基編集設計ツール：BE-Designer
- 01:13:28 3-3. Base Editorによる塩基編集予測ツール：BE-Hive
- 01:15:09 3-4. Prime Editorによる小規模編集設計ツール：PrimeDesign
- 01:17:11 3-5. TALENによるノックアウト設計ツール：TALEN Targeter
- 01:18:07 3-6. Cas13によるRNA編集設計ツール：Cas13design
- 01:19:50 3-7. サンガーシーケンスデータを使った変異分析ツール：TIDE
- 01:22:16 3-8. アンプリコンシーケンシングデータを使った変異分析ツール：CRISPResso2
- 01:29:27 3-9. UCSC genome browserでのCas9標的の確認
- 01:30:32 3-10. ガイドRNA先行研究データベース：dbGuide
- 01:31:41 3-11. template-freeゲノム編集データベース：MHcut Browser
- 01:33:29 4. ゲノム編集情報の安全な設計・解析・管理ツール
- 01:34:14 4-1. GGGenome(+パッケージ版)によるオフターゲット検索
- 01:36:39 4-2. ゲノム編集専用データ基盤Genome Editing Cloud
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210831_AJACSonline8_02_nakamae.mov